تحقق اهداف و سیاست­‌های اسناد بالادستی کشور در حوزه علم، فناوری و نوآوری یکی از مهم‌ترین ماموریت­‌های معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری است. استقرار نظام جامع پایش و ارزیابی حوزه علم، فناوری و نوآوری، یکی از تصمیمات اتخاذ شده در راستای انجام این ماموریت است. ارائه تصویری شفاف و واقع­‌گرایانه از وضعیت علم، فناوری و نوآوری کشور، ایجاد هوشمندی سیاستی، ایجاد همزبانی و وفاق در ارائه گزارشات تحلیلی و عملکردی در کشور و امکان مقایسه دستاوردهای کشور با سایر کشورهای منطقه و فرامنطقه­‌ای از ضرورت­‌های ایجاد این نظام است. این معاونت بر اساس آیین‌­نامه اجرایی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور مصوب در شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری (عتف)، اقدام به طراحی و راه‌­اندازی سامانه ملی پایش و ارزیابی فناوری و نوآوری ایران نموده است. این سامانه ابزاری مهم و متوازن برای ارائه تصویری جامع، شفاف و منطبق با واقعیت از وضعیت فناوری و نوآوری درکشور است که مبتنی بر مطالعه و بررسی بیش از ۱۰ نظام پایش و ارزیابی مشابه در سطح ملی و بین‌المللی در دیگر کشورها و تجارب پیشین کشور در این زمینه و استخراج شاخص‌های مندرج در اسناد بالادستی می­‌باشد. در واقع، شاخص‌های موجود در مدل‌های بین‌المللی برای سنجش وضعیت فناوی و نوآوری کشورها (به خصوص کشورهای منطقه که در سند چشم‌انداز به آن‌ها اشاره شده است) مورد توجه قرار گرفته است. همان­طور که در آیین‌نامه اجرایی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور اشاره شده، شاخص‌­های تبیین‌شده در نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری در ۱۱ معیار اصلی دسته‌­بندی شده‌­اند.بر اساس تقسیم کار انجام گرفته در این آیین نامه، شاخص­‌های "بخش آموزش، پژوهش و فناوری دانشگاهی کشور" با محوریت وزارت علوم و مشارکت دستگاه‌های همکار و شاخص­‌های "بخش تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری کشور" با محوریت معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و مشارکت دستگاه‌های همکار تهیه خواهد شد. "بخش تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری کشور" کلیه‌ فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری سازی و نوآوری بنگاه‌ها و صنایع کشور را شامل می­‌شود.