اهداف و ماموریت‌ها

 · طراحی و تدوین سیاست­های راهبردی توسعه نظام نوآوری کشور و نظارت راهبردی بر پیاده‌سازی این سیاست­ها

· تدوین قوانین و مقررات مناسب در جهت توسعه علم، فناوری و نوآوری کشور در قالب برنامه‌های توسعه پنج­ساله، قوانین بودجه سنواتی و پیشنهاد لوایح مختلف در خصوص علم و فناوری به هیات دولت و تنظیم آیین‌نامه‌های مربوطه

· ارائه سیاست­های راهبردی و پشتیبانی به منظور توسعه زیر­ساخت­های نظام نوآوری کشور و فعالیت­های شبکه‌سازی در این حوزه

· ایجاد هماهنگی در تدوین سیاست­های فرابخشی میان دستگاه­ها و نهادهای برنامه­ریز و مجری برنامه­های علم، فناوری و نوآوری کشور

· مشارکت فعال در بروز رسانی، تکمیل و اجرای نقشه جامع علمی کشور و سایر اسناد بالا دستی مرتبط با مأموریت معاونت علمی وفناوری

· رصد، پایش و آینده نگاری علم و فناوری و نوآوری و نیاز های بازار

· سیاستگذاری و راهبری در جهت طراحی و استقرار کامل نظام جامع مالکیت فکری در کشور برای حمایت از نظریه­پردازی ، تولید دانش و فناوری ، اشاعه و تجاری سازی آن

· ارزیابی مستمر نظام ملی نوآوری و سیاست­های کلان علم و فناوری کشور

· ارزیابی راهبردی نظام­های نوآوری بخشی(SIS) ، منطقه ای (RIS) و فناورانه (TIS)

دفتر سیاستگذاری 

1. تدوین سیاست‌های حل مسائل نظام نوآوری و اقتصاد دانش بنیان کشور و ارتقای کارکردهای مختلف آن 

2. طراحی سیاست‌های توسعه بخش‌های مختلف معاونت علمی و فناوری و سایر نهادهای نظام علم و فناوری کشور 

3. رصد و مدیریت تعاملات و تحولات داخل و خارج کشور معطوف به حوزه علم، فناوری و نوآوری 

4. مدیریت فعالیت‌های تحقیقاتی معطوف به نیازهای تخصصی، اولویت‌های فناوری ملی و آینده‌پژوهی 

5. طراحی و پیگیری نهادسازی در حوزه علم و فناوری در زمینه‌های مورد نیاز نظام ملی نوآوری

6. بررسی پیشنهادات مربوط به طرح‌ها و لوایح مرتبط با حوزه فناوری و نوآوری، و تهیه احکام قانونی مناسب برای ارائه به مراجع ذی‌ربط جهت تصویب

دفتر برنامه‌ریزی و هماهنگی 

1. ایجاد هماهنگی و هم‌افزایی میان نهادهای نظام نوآوری 

2. تعامل موثر با مراجع بالادستی و وزارتخانه‌های مرتبط 

3. ایجاد هماهنگی و هم‌افزایی در انجام ماموریتهای معاونت سیاستگذاری و ارزیابی راهبردی  

4. نهادینه‌سازی و اجرایی نمودن سیاست‌های علم و فناوری و پیگیری تحقق آن

5. هماهنگی اجرای برنامه‌های مصوب معاونت علمی و فناوری

دفتر ارزیابی و نظارت راهبردی

1. ارزیابی مستمر نظام ملی نوآوری و نظارت راهبردی بر پایگاه‌های اطلاعاتی ملی در حوزه علم، فناوری و نوآوری کشور 

2. ارزیابی راهبردی فناوری در سطوح بخشی، منطقه ای و بنگاهی 

3. تحلیل بودجه‌های علم و فناوری کشور

4. بررسی و تحلیل قوانین و آئین‌نامه‌های حوزه علم و فناوری کشور (کارآمدی و اثربخشی)

5. ارزیابی سیاستهای کلان علم فناوری و نوآوری کشور

6. نظارت بر عملکرد نهادهای طرف قرارداد معاونت سیاستگذاری و ارزیابی راهبردی