آثار رسیده به دبیرخانه جایزه مصطفی(ص) در دو مرحله ارزیابی و داوری می‌شوند. در مرحله اول کمیته‌های داوری مقدماتی مدارک و صلاحیت آثار را از نظر ویژگی‌های عمومی بررسی کرده و آثار دارای صلاحیت را به مرحله بعدی داوری می‌فرستند. مطابق ضوابط، آثاری که پیش از این برنده حداقل یک جایزه معتبر علمی در سطح جهان شده باشند، به مرحله بعد راه نمی‌یابند. همچنین آثاری که به‌صورت شخصی و خارج از مسیر صحیح نامزدی توسط نهادهای نامزد کننده ارائه شوند در این مرحله پذیرفته نمی‌شوند. در مرحله نهایی، در هر یک از حوزه‌های جایزه، یک گروه داوری هفت‌نفره از محققان و دانشمندان برجسته بین‌المللی، آثار نهایی را داوری و اثر برگزیده را انتخاب می‌کنند.

ویژگی‌های برجسته اثر: نوآوری مشهود درروش علمی، پیشرو بودن اثر و نیز ماندگاری آن از مهم‌ترین ویژگی‌های مورد توجه داوران هستند. همچنین اثر باید کاربردهای مشخصی داشته یا نتایج حاصل از آن به‌صورت محسوس در جهان علم تأثیر گذاشته باشد. شرکت‌کنندگان برای اثبات این ویژگی‌ها باید دلایل کافی و مستندات قابل تشخیص ارائه کنند.

دامنه نفوذ: اثر علمی مورد داوری باید به گسترده کردن مرزهای دانش در جهان کمک کرده و در سطح جهانی یا منطقه ای تأثیر علمی قابل‌ملاحظه‌ای بر جای گذاشته باشد. همچنین آثار باید یا در قالب یک تئوری علمی در رسانه های معتبر علمی منتشر شده یا قابلیت تبدیل به طرح‌های اقتصادی و تولید ثروت را داشته باشند. همچنین آثار علمی ارسالی باید بر فرهنگ، جامعه، سلامت، محیط‌زیست و رفاه عمومی تأثیر مشهودی داشته و در پاسخ‌گویی به نیازهای علمی یا حل مسائل اجتماعی ایفای نقش کرده باشند.

ویژگی‌های صاحب اثر: صاحب یا صاحبان اثر علمی نامزد دریافت جایزه مصطفی باید در زمینه تخصصی خود از حسن شهرت و سابقه علمی درخشانی برخوردار باشند. این سابقه از طریق داشتن آثار و مقالات منتشر شده در نشریات معتبر علمی یا نوآوری‌ها و اختراعات ثبت شده یا نقش داشتن در توسعه فناوری‌های جدید سنجیده خواهد شد. جامع‌نگری و روحیه نوآوری علمی از دیگر ویژگی‌های نامزدهای دریافت جایزه مصطفی است.