معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری نیز بنا بر ضرورت و با هدف ارتقای اقتدار ملی، تولید ثروت و افزایش کیفیت زندگی مردم از طریق افزایش توانمندی‌های فناوری و نوآوری در کشور و ارتقای «نظام ملی نوآوری» و تکمیل مؤلفه‌ها و حلقه‌های آن ایجاد شده است. در ایجاد این نهاد اهداف دیگری همچون توسعه «اقتصاد دانشبنیان» از طریق هماهنگی و هم‌افزایی بین‌بخشی و بین‌دستگاهی، ارتقای ارتباط «دانش» با «صنعت» و «جامعه»، تسهیل تبادلات بین بخش‌های عرضه و تقاضای فناوری و نوآوری و تجاری‌سازی دستاوردهای فناوری و نوآوری و توسعه شرکت‌های دانشبنیان نیز مد نظر بوده است. علاوه بر موارد مذکور برای این معاونت اهدافی چون توسعه فناوری‌های راهبردی و اولویت‌دار ملی مصرح در نقشه جامع علمی کشور و اعتلای ارتباطات بین‌المللی علمی، فناوری و نوآوری و توسعه دیپلماسی علمی و فناوری نیز تعیین شده است. در راستای تحقق اهداف فوق و پاسخگویی به نیازهای جامعه وظایف متعددی برای این معاونت در نظر گرفته شده است. از جمله مهمترین این وظایف در سطح کلان می‌توان به برنامه‌ریزی، هماهنگی بین بخشی و هم‌افزایی در «نظام ملی نوآوری» و بین برنامه‌های توسعه و سیاست‌های کلان توسعه علم و فناوری کشور اشاره کرد. در کنار این وظایف کلان، وظایف دیگری نیز با محوریت حمایت از شرکت‌های دانشبنیان و به طور کل تقویت پایه‌های اقتصاد دانشبنیان در نظر گرفته شده تولید کالاها و خدمات دانشبنیان، توسعه ساز و کارهای سرمایه‌گذاری خطر‌پذیر و تأمین مالی لازم در اقتصاد دانشبنیان، حمایت از ایجاد و توانمندسازی تشکل‌های خصوصی در زمینه تولید و توسعه صادرات کالاها و خدمات دانشبنیان، تحریک تقاضا، بازارسازی و تضمین بازار برای تولیدات داخلی و بازاریابی و صادرات کالاها و خدمات دانشبنیان و ... است.
نهادهای علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان وابسته به ریاست‌جمهوری شامل ستاد نانو، صندوق حمایت از پژوهشگران و نوآوران و نیز پارک فناوری پردیس که قبل از تشکیل معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان وابسته به نهاد ریاست جمهوری بودند نیز تحت نظر معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان قرار گرفته‌اند. همچنین بر اساس مصوبات دولت، شورایعالی انقلاب فرهنگی و نیز دیگر مراجع قانون‌گذاری موارد متعددی از امور جاری این بخش مهم کشور از جمله تنظیم منابع و تأیید پژوهش‌های وزارتخانه‌ها و دستگاه‌های اجرایی نیز بر عهده این معاونت گذاشته شد، که کامل این موارد در بخش قوانین و مقررات همین وبگاه آمده است