یکی از مهم‌ترین حمایت‌ها از شرکت‌های دانش‌بنیان در معاونت علمی،فناوری و اقتصاددانش بنیان ریاست جمهوری، معافیت‌های مالیاتی است. شرکت‌های دانش‌بنیان و شرکت‌های مستقر در پارک‌های علم و فناوری بر اساس ماده (۳) و ماده (9) «قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات» موضوع ماده (۱۰۵) قانون مالیات‌های مستقیم، از مالیات معاف هستند. بر اساس ماده (۳) قانون مذکور و آیین نامه ارزیابی شرکت های دانش بنیان؛ کلیه درآمد شرکت‌های دانش‌بنیان تولیدی نوع 1 و نوپا نوع 1 از محل فعالیت‌ها و محصولات دانش‌بنیان از تاریخ تایید تا زمانی که تاییدیه دانش بنیان شرکت معتبر باشد، از مالیات مستقیم معاف است. برای این منظور اسامی این شرکت‌ها و عناوین مشمول معافیت آنها به صورت سالانه برای سازمان امور مالیاتی ارسال می‌گردد و توسط این سازمان به ادارات امور مالیاتی سراسر کشور ابلاغ می‌گردد. در این باره لازم به توضیح است این معافیت فقط ناظر بر مالیات مستقیم ناشی از درآمدهای شرکت است و مالیات ارزش‌افزوده و مالیات حقوق کارکنان مشمول این معافیت نمی‌باشد. همچنین بر اساس ماده (9) این قانون، شرکت‌ها و واحدهای مستقر در پارک‌های علم و فناوری و مراکز رشد برای فعالیت‌هایی تولیدی که در محدوده پارک علم و فناوری و یا مرکز رشد انجام می‌دهند مشمول عافیت مالیاتی هستند. لازمه استفاده از این معافیت صرفا استقرار در پارک علم و فناوری و یا مرکز رشد است و با تایید رئیس و مسئولین واحد مذکور با اداره مالیاتی مربوطه اعمال می‌گردد. در این باره لازم به توضیح است مبادلاتی که طرفین آنها در پارک علم و فناوری و یا مرکز رشد مستقر باشند و همچنین حقوق کارکنان آنها نیز مشمول معافیت مالیاتی می‌باشد.