در دولت یازدهم و دوازدهم با عنایت به اهمیت و جایگاه نقش نوآوری در موفقیت توسعه اقتصادی کشور، برنامه¬ای با عنوان مراکز نوآوری تدوین شده¬است. این برنامه در مرحله اول با هدف نفوذ و ترویج نوآوری در دانشگاه¬ها طرح¬ریزی شد. در این برنامه تلاش بر این است تا در دانشگاه¬ها تمرکز از توسعه فناوری تغییر نموده و بر نوآوری و پژوهش¬های کاربردی و تقاضامحور تمرکز شده و منجر به بالندگی اقتصاد مبتنی بر دانش، فناوری و نوآوری ¬شود. بنابراین و بر مبنای بررسی مدل‌های بکار گرفته شده در دانشگاه‌های پیشرو و مطرح دنیا و تجربه زیسته آن¬ها در زمینه فن¬آفرینی و توسعه کسب‌و‌کارهای دانش‌بنیان این نتیجه حاصل شد که می¬¬بایست مدلی طراحی و اجرا شود که اولاً دارای برنامه‌های به¬هم پیوسته و زنجیره‌وار باشد که فرآیند خلق ارزش از دانش و فناوری را پوشش دهد و برای استمرار و تواتر برنامه‌ها و حسن اجرای آنها، نهادسازی متناسبی صورت گیرد و برنامه‌ها توسط نهادهای مربوطه پیگیری و اجرا شوند. با این پیش‌فرض مدلی که جهت توسعه فن¬آفرینی در دانشگاه‌ها پیشنهاد ‌شد، مدلی است که رویکرد توسعه نهادی را به دنبال داشته باشد. در همین راستا مراکز نوآوری به¬عنوان یک برنامه در دانشگاه¬ها راه¬اندازی شده¬است. هدف اصلی در این برنامه ایجاد، تقویت و یکپارچه‌سازی نهادهای موجود در اکوسیستم فن¬آفرینی است. باید توجه شود که مرکز نوآوری خود یک ساختار و یا نهاد جدید نیست بلکه هدف آن ایجاد هماهنگی، تبیین و تعریف دقیق روابط متقابل بین ساختارها و نهاد‌های مرتبط با نوآوری و فن¬آفرینی است که مهمترین آن¬ها عبارتند از مرکز کارآفرینی، مرکز رشد، شتابدهنده، صندوق‌های مالی. در برنامه مذکور هر کدام از این نهادها در صورت نیاز از طریق مسیر قانونی خود و با هماهنگی دستگاه‌های ذیربط ایجاد شده و اخذ مجوز و تاییدیه‌های لازم بر عهده دانشگاه می¬باشد.