شاخص‌­های تبیین‌شده در نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری در ۱۱ معیار اصلی دسته‌­بندی شده‌­اند.بر اساس تقسیم کار انجام گرفته در این آیین نامه، شاخص­‌های "بخش آموزش، پژوهش و فناوری دانشگاهی کشور" با محوریت وزارت علوم و مشارکت دستگاه‌های همکار و شاخص­‌های "بخش تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری کشور" با محوریت معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری و مشارکت دستگاه‌های همکار تهیه خواهد شد. "بخش تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری کشور" کلیه‌ فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری سازی و نوآوری بنگاه‌ها و صنایع کشور را شامل می­‌شود.

معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری اجرایی سازی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور در راستای تحقق اهداف تبیین شده بندهای مرتبط در اسناد بالادستی در دستور کار خود قرار داده است. اسناد بالادستی مرتبط با این موضوع به شرح زیر است:

• سیاست‌های کلی علم و فناوری 

۳-۲- ساماندهی و تقویت نظام های نظارت، ارزیابی، اعتبارسنجی و رتبه بندی در حوزه‌های علم و فناوری.

۴-۲- ساماندهی نظام ملی آمار و اطلاعات علمی، پژوهشی و فناوری جامع و کارآمد.

۱-۲- مدیریت دانش و پژوهش و انسجام بخشی در سیاستگذاری، برنامه ریزی و نظارت راهبردی در حوزه علم و فناوری و ارتقاء مستمر شاخص‌ها و روزآمدسازی نقشه جامع علمی کشور با توجه به تحولات علمی و فنی در منطقه و جهان.

  نقشه جامع علمی کشور 

راهبرد کلان ۱: اصلاح ساختارها و نهادهای علم و فناوری و انسجام بخشیدن به آنها و هماهنگ سازی نظام تعلیم و تربیت، در مراحل سیاستگذاری و برنامه ریزی کلان.

     سیاست‌های ابلاغی برنامه ششم توسعه 

بند ۳۱ از امور اقتصادی : استقرار نظام جامع و کارآمد آمار و اطلاعات کشور.

• آیین نامه اجرایی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور

شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری (عتف) در بیستمین جلسه مورخ ۱۳۹۵/۱۱/۱۲ در راستای بندهای ۳-۲و ۴-۲ سیاست‌های کلی علم و فناوری ابلاغی مقام معظم رهبری و هم‌چنین راهبرد کلان ۱ نقشه جامع علمی کشور، آیین نامه اجرایی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور را در ۱۱ماده و ۶ تبصره تصویب نمود.