در راستای تحقق سیاست‌های اقتصاد مقاومتی و همچنین توسعه اقتصاد دانش‌بنیان، این سازمان امکانات و تسهیلاتی را برای شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان فراهم می‌کند و پیشنهادهای متنوعی برای حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان در سازمان صنایع کوچک و شهرک‌های صنعتی ایران بررسی شد که کاهش درصد پرداخت بخش نقدی قرارداد واگذاری اراضی شهرک‌های صنعتی به شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معرفی شده از سوی معاونت علمی، فناوری و اقتصاددانش بنیان رییس جمهور، به تصویب رسید و برای اجرا به کل استان‌ها ابلاغ شده است. از جمله این حمایت‌ها، کاهش درصد پرداخت بخش نقدی قرارداد واگذاری حق بهره‌برداری از اراضی شهرک‌های صنعتی و فناوری (بدون تغییر در مبلغ کل قرارداد) به شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان معرفی شده از سوی معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان رییس جمهور است. این مبلغ پرداخت بخش نقدی در مناطق توسعه‌یافته 10 درصد، در مناطق کمتر توسعه‌یافته حداقل 5 درصد و تعداد 14 قسط سه ماهه (مجموعه 42 ماه) است. شرکت‌ها می‌توانند از بخشودگی 5 درصد از کل مبلغ قرارداد و پرداخت نقد و اقساط مطابق دستورالعمل مربوطه بهره‌مند شوند.