اهم وظایف:

• طراحی و تدوین سیاست­های راهبردی توسعه نظام نوآوری کشور و نظارت راهبردی بر پیاده‌سازی این سیاست­ها
• تدوین قوانین و مقررات مناسب در جهت توسعه علم، فناوری و نوآوری کشور در قالب برنامه‌های توسعه پنج ساله، قوانین بودجه سنواتی و پیشنهاد لوایح مختلف در خصوص علم و فناوری به هیات دولت و تنظیم آیین‌نامه‌های مربوطه
• ارائه سیاست­های راهبردی و پشتیبانی به منظور توسعه زیر­ساخت­های نظام نوآوری کشور و فعالیت­‌های شبکه‌سازی در این حوزه
• ایجاد هماهنگی در تدوین سیاست­های فرابخشی میان دستگاه­ها و نهادهای برنامه­ریز و مجری برنامه­های علم، فناوری و نوآوری کشور
• مشارکت فعال در بروز رسانی، تکمیل و اجرای نقشه جامع علمی کشور و سایر اسناد بالا دستی مرتبط با مأموریت معاونت علمی وفناوری
• رصد، پایش و آینده نگاری علم و فناوری و نوآوری و نیازهای بازار
• سیاستگذاری و راهبری در جهت طراحی و استقرار کامل نظام جامع مالکیت فکری در کشور برای حمایت از نظریه­پردازی، تولید دانش و فناوری، اشاعه و تجاری سازی آن
• ارزیابی مستمر نظام ملی نوآوری و سیاست­های کلان علم و فناوری کشور
• ارزیابی راهبردی نظام­های نوآوری بخشی(SIS)، منطقه ای (RIS) و فناورانه (TIS)