معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری نیز بنا بر ضرورت و با هدف ارتقای ‌اقتدار ملی، تولید ثروت و افزایش کیفیت زندگی مردم از طریق افزایش توانمندی‌های فناوری و نوآوری در کشور و ارتقای «نظام ملی نوآوری» و تکمیل مؤلفه‌ها و حلقه‌های آن ایجاد شده است. در ایجاد این نهاد اهداف دیگری همچون توسعه «اقتصاد دانش‌بنیان» از طریق هماهنگی و هم‌افزایی بین‌بخشی و بین‌دستگاهی، ارتقای ارتباط «دانش» با «صنعت» و «جامعه»، تسهیل تبادلات بین بخش‌های عرضه و تقاضای فناوری و نوآوری و تجاری‌سازی دستاوردهای فناوری و نوآوری و توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان نیز مد نظر بوده است. علاوه بر موارد مذکور برای این معاونت اهدافی چون توسعه فناوری‌های راهبردی و اولویت‌دار ملی مصرح در نقشه جامع علمی کشور و اعتلای ارتباطات بین‌المللی علمی، فناوری و نوآوری و توسعه دیپلماسی علمی و فناوری نیز تعیین شده است. در راستای تحقق اهداف فوق و پاسخگویی به نیازهای جامعه وظایف متعددی برای این معاونت در نظر گرفته شده است. از جمله مهمترین این وظایف در سطح کلان می‌توان به برنامه‌ریزی، هماهنگی بین‌ بخشی و هم‌افزایی در «نظام ملی نوآوری» و بین برنامه‌های توسعه و سیاست‌های کلان توسعه علم و فناوری کشور اشاره کرد. در کنار این وظایف کلان، وظایف دیگری نیز با محوریت حمایت از شرکت‌های دانش‌‌بنیان و به طور کل تقویت پایه‌های اقتصاد دانش‌بنیان در نظر گرفته شده که در برگیرنده مواردی چون، توسعه فناوری، تقویت فرآیند تجاری‌سازی و حمایت از موسسات و شرکت‌های دانش‌بنیان و شرکت‌های طراحی مهندسی، حمایت از گسترش فعالیت تحقیق و توسعه در کشور و ارتقای توان «مدیریت فناوری» در شرکت‌های دانش‌بنیان، ارتقای کارآفرینی فناورانه و بهبود فضای کسب و کار دانش‌بنیان و هدایت سرمایه‌های کشور جهت تولید کالاها و خدمات دانش‌بنیان، توسعه ساز و کارهای سرمایه‌گذاری خطر‌پذیر و تأمین مالی لازم در اقتصاد دانش‌‌بنیان، حمایت از ایجاد و توانمندسازی تشکل‌های خصوصی در زمینه تولید و توسعه صادرات کالاها و خدمات دانش‌بنیان، تحریک تقاضا، بازارسازی و تضمین بازار برای تولیدات داخلی و بازاریابی و صادرات کالاها و خدمات دانش‌بنیان و ... است.

نهادهای علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان وابسته به ریاست‌جمهوری شامل ستاد نانو، صندوق حمایت از پژوهشگران و نوآوران و نیز پارک فناوری پردیس که قبل از تشکیل معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان وابسته به نهاد ریاست جمهوری بودند نیز تحت نظر معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان قرار گرفته‌اند. همچنین بر اساس مصوبات دولت، شورایعالی انقلاب فرهنگی و نیز دیگر مراجع قانون‌گذاری موارد متعددی از امور جاری این بخش مهم کشور از جمله تنظیم منابع و تأیید پژوهش‌های وزارتخانه‌ها و دستگاه‌های اجرایی نیز بر عهده این معاونت گذاشته شد، که کامل این موارد در بخش قوانین و مقررات همین وبگاه آمده است.

در یک نگاه سریع اهداف و وظایف معاونت را می‌توان چنین برشمرد :

اهداف:

• ارتقای تولید ثروت از طریق افزایش توانمندی‌های فناوری و نوآوری در کشور
• ارتقای زیست‌بوم نوآوری و شتاب‌دهی اقتصاد دانش‌بنیان
• تحقق مرجعیت علمی، افزایش سهم اقتصاد دانش‌بنیان پژوهشی از تولید ناخالص داخلی و مصرف بهینه منابع 
• گسترش حمایت از توسعه اقتصاد دانش‌بنیان و حمایت از نوآوری و پژوهش های مسأله محور

وظایف اساسی:

• ارتقا و تقویت فرآیند شتاب‌دهی به توسعه اقتصاد دانش‌بنیان در چارچوب قوانین، مقررات و اسناد بالادستی
• ایجاد و تقویت زیست بوم نوآوری و تکمیل مولفه‌ها و حلقه‌های آن و تقویت زیرساخت های نهادی آن
• حمایت از ایجاد، توانمندسازی و توسعه شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان
• توسعه و تجاری‌سازی فناوری‌های راهبردی و مورد نیاز کشور در چارچوب نقشه جامع علمی کشور
• حمایت از نوآوری و پژوهش‌های مسأله محور و تجاری‌سازی دستاوردهای فناوری و نوآوری
• تقویت ارتباط میان موسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری با بخش‌های صنعتی، اقتصادی و اجتماعی و تقویت زیرساخت های نهادی مورد نیاز برای اجرای این مأموریت
• تقویت فعالیت‌های تحقیق و توسعه بنگاه‌های اقتصادی با هدف افزایش تولید
• رصد، پایش و حمایت از تحریک تقاضای محصولات فناورانه و دانش‌بنیان
• ارتقای صادرات کالاها و خدمات دانش‌بنیان
• اعتلای ارتباطات بین‌المللی فناوری و نوآوری و توسعه دیپلماسی فناوری
• ایجاد نظام مدیریت یکپارچه فناوری و نوآوری در دستگاه‌های اجرایی
• ارتقای یادگیری فناوری در سطح ملی و تقویت توانمندی‌های فناورانه داخلی از طریق استفاده حداکثری از ظرفیت طرح‌های توسعه‌ای ملی، خریدهای دولتی از خارج و فعالیت و سرمایه‌گذاری شرکت‌های خارجی در داخل کشور

 معاونین علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان رئیس جمهور