مرکز توسعه فناور‌های راهبردی با هدف همگرایی و هم‌افزایی و هماهنگی در حوزه های فناوری های نوظهور، کلیدی و پیشرفته بین فعالیت‌های ستادهای توسعه فناوری در تکمیل و توسعه زیست بوم فناوری و نوآوری در حوزه‌های نظام نوآوری بخشی فعالیت می‌نماید.
با توجه به اینکه ستادهای توسعه فناوری‌های راهبردی در راستای حمایت از دستیابی کشور به علوم و فناوری‌های راهبردی و اولویت‌دار در حل مسائل اساسی کشور با تاکید بر اسناد بالادستی به ویژه نقشه جامع علمی کشور ایجاد شده‌‌اند، این مرکز با جهت‌دهی و هماهنگی در تدوین سیاست‌ها و راهبردهای مربوط به برنامه‌ها و فعالیت‌های ستادها به منظور پشتیبانی از توسعه و کاربرد علوم و فناوری‌های اولویت دار در طول زنجیره ایده تا خلق ثروت می‌باشد.
ستادهای توسعه فناوری، تشکیلاتی فرادستگاهی هستند که به منظور شبکه سازی، هم افزایی، تقسیم کار ملی، حمایت از شرکت های دانش بنیان، حمایت از توسعه فناوری و تجاری سازی فناوری، و نیز تقویت زیرساختهای قانونی و نهادی تحت نظارت معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان تشکیل شده اند. این ستادها درصدد ایجاد فضایی مناسب برای تحقق اقتصاد دانش بنیان در حوزه مأموریتی خویش از طریق حمایت از توسعه و تجاری سازی فناوری های پیشرفته هستند.
همچنین مرکز توسعه فناوری های راهبردی از طریق نظارت و ارزیابی بر عملکرد ستادها در چارچوب نظام‌نامه «مأموریت‌های متوازن ستادهای توسعه فناوری معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان رییس‌جمهور» در پی شتابدهی و ارتقای اثربخشی فعالیت‌ها و ایجاد هماهنگی در مأموریت‌های محوله می باشد.