معاونت علمی بهبود وضعیت کشور در شاخص جهانی نوآوری را از سال 1394 در دستور کار قرار داده است. در این راستا کارگروهی بین دستگاهی با حضور نماینده تمام سازمان‌ها و وزارت‌خانه‌های مرتبط با ابعاد متوازن نوآوری ملی به میزبانی معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری تشکیل شده و رایزنی‌های مقتضی با سازمان بین‌المللی مالکیت فکری که ناشر گزارش یاد شده است صورت پذیرفته است. بر اساس همکا‌ری‌های بین دستگاهی، تاکنون داده به روز تعدادی از 81 شاخص این گزارش گردآوری شده و در حال ارسال به سازمان بین‌المللی مالکیت فکری است.
با پیگیری‌های به عمل آمده، در آخرین نسخه گزارش شاخص جهانی نوآوری که در 25 خرداد 1396 منتشر شده است و حاوی ارزیابی وضعیت این شاخص در 127 کشور طی سال 2017 میلادی است، ایران با رشد خیره‌کننده متأثر از اتخاذ سیاستی‌های اقتصاد مقاومتی و توسعه اقتصاد دانش بنیان در دولت تدبیر و امید، از رتبه 120 در سال 2014 به 78 در سال 2016، و سپس 75 در سال جاری ارتقاء یافته است که کشور را در میان اقتصادهای با بیشترین رشد در زمینه نوآوری و نیز پیشرو در نوآوری در منطقه آسیای جنوبی و مرکزی بعد از کشور هند قرار می‌دهد. بهبود‌های مستمر وضعیت ایران در شاخص GII تا حدی مرهون پیگیری‌های این معاونت در جمع‌آوری داده‌های مرتبط با شاخص‌های این گزارش و ارسال و انتشار بین‌المللی آن‌هاست. این روند در سال 1397 هم بر اساس برنامه‌ای مدون در حال پیگیری است.