ارائه تصویری شفاف و واقع‌گرایانه از وضعیت علم، فناوری و نوآوری کشور، ایجاد هوشمندی سیاستی، ایجاد همزبانی و وفاق در ارائه گزارشات تحلیلی و عملکردی در کشور و امکان مقایسه دستاوردهای کشور با سایر کشورهای منطقه و فرامنطقه‌ای یکی از ضرورت‌های توسعه علم و فناوری و اولویت‌های مندرج در اسناد بالادستی است. این معاونت بر اساس آیین‌نامه اجرایی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور مصوب در شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری (عتف)، اقدام به طراحی و راه‌اندازی سامانه ملی پایش و ارزیابی فناوری و نوآوری ایران نموده است. این سامانه ابزاری مهم و متوازن برای ارائه تصویری جامع، شفاف و منطبق با واقعیت از وضعیت فناوری و نوآوری درکشور است که مبتنی بر مطالعه و بررسی بیش از ۱۰ نظام پایش و ارزیابی مشابه در سطح ملی و بین‌المللی در دیگر کشورها و تجارب پیشین کشور در این زمینه و استخراج شاخصهای مندرج در اسناد بالادستی می‌‌باشد. در واقع، شاخصهای موجود در مدل‌های بین‌المللی برای سنجش وضعیت فناوی و نوآوری کشورها (به خصوص کشورهای منطقه که در سند چشم‌انداز به آن‌ها اشاره شده است) مورد توجه قرار گرفته است. همان‌طور که در آیین‌نامه اجرایی نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری کشور اشاره شده، شاخصهای تبیین شده در نظام پایش و ارزیابی علم، فناوری و نوآوری در ۱۱ معیار اصلی دسته‌بندی شده‌‌اند. بر اساس تقسیم کار انجام گرفته در این آیین‌نامه، شاخصهای «بخش آموزش، پژوهش و فناوری دانشگاهی کشور» با محوریت وزارت علوم و مشارکت دستگاههای همکار و شاخصهای «بخش تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری کشور» با محوریت معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری و مشارکت دستگاههای همکار تهیه خواهد شد. «بخش تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری کشور» کلیه فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و نوآوری بنگاه‌ها و صنایع کشور را شامل می‌شود. با توجه به تقسیم کار انجام شده، معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری مسئولیت گردآوری و انتشار شاخصهای مربوط به ۳ معیار اصلی منابع مالی فناوری و نوآوری، دستاوردهای اقتصادی و محیط و چارچوب نهادی با مشارکت دستگاههای موثر در این حوزه برعهده دارد.
بر این اساس، داده‌های مرتبط با شاخصهای سه معیار مورد اشاره با همکاری نهادهای ذیربط جمع آوری شده است و در قالب یک وب‌سایت به صورت عمومی در دسترس جامعه علم و فناوری کشور قرار خواهد گرفت.